1、工程设计不当
这是一种较为罕见的现象，主要发生在对净化水平要求较低的一些车间。如今净化市场的竞争比较激烈，有些施工单位为了拿到项目，在投标时给出了低报价。施工后期，利用部分单位不够懂行的情况，偷工减料，采用低功率空调通风压缩机组，使送风功率和净化面积不匹配，造成洁净度不合格。另一个原因是，在设计施工开始之后，使用单位又增加了新的要求和净化面积，这样也会使原来的设计不能满足要求。这些先天缺陷很难改善，在 工程设计阶段应加以避免。作者还发现，个别施工单位在验收时，预先堵塞了部分送风口，以图蒙混。
2、用低档产品代替高 档产品
对于洁净室中效率高过滤器的应用，国家规定在洁净度为100,000级或以上的空气净化过程中，应采用初、中、效三级过滤。并且作者在验证过程中，发现某大型车间净化工程在万级净化级别上用亚效率高的空气过滤器代替了效率高的空气过滤器，造成净化度不合格。换掉了效率高的滤芯才符合GMP认证要求。
3、送风管道或过滤器密封不良
这是由于施工粗糙所致，在验收时会出现在同一系统的某一房间或某一部位出现不合格现象，改进的方法是送风管采用光敏试验法检漏，过滤器采用微粒计数器对其截面、封胶、安装框进行扫描，找出泄漏部位，仔细密封。
4、回风管或回风管设计不好，调试不好在设计方面的原因，有时由于空间限制不能采用“顶送侧回”或回风量不足，排除了设计方面的原因后，回风管的调试也是很重要的环节。若安装不当，回风阻力过大，回风量小于送风量，也会造成洁净度不合格。此外，在车间净化工程施工中，回风高度与地面距离也会影响净化效果。
5、检测时净化空调系统自净时间不足国家标准规定的，应在净化空调系统正常运行30min后再进行检测工作。若操作时间过短，还会造成洁净不合格。在此条件下，适当延长空调净化系统的运行时间即可。
6、净化空调系统未清洗干净
厂房净化工程施工过程中，整个净化空调系统，特别是送、回风管道并非一次完成，施工人员和作业环境都会对通风管道和过滤器造成污染。如果不清洗干净，将会直接影响检测结果。改善方法是，边施工边清洗，前一段管道安装完成后，可用塑料膜将其完全密封，避免环境污染等。无洁净车间清洁要毋庸置疑，无洁净车间在检测前一定要全 面清扫，能进行检测。穿戴清洁工作服，以排除清洁人员身体所造成的污染。清洁剂可选用自来水，纯水，有机溶剂，中性清洁剂等。具有防静电要求的，用沾有防静电液体的抹布擦拭。
